Instytut Studiów Europejskich UJ prowadzi dydaktykę oraz badania naukowe zgodnie z najwyższymi standardami metodologicznymi nauk społecznych i humanistycznych. Ich nadrzędnym celem, określonym w Statucie UJ, jest poszukiwanie prawdy. W swoich działaniach kierujemy się podstawowymi wartościami, zasadami i normami, ukształtowanymi przez wielowiekową tradycję Uniwersytetu Jagiellońskiego – tymi kanonicznymi, wskazanymi przez Akademicki Kodeks Wartości UJ,  jak przede wszystkim: prawda, odpowiedzialność, życzliwość, sprawiedliwość, rzetelność, tolerancja, lojalność, samodzielność, uczciwość i godność. 

Misją Komisji ds. Etyki Badań Naukowych jest zadbanie o to, żeby pracownicy, współpracownicy, doktoranci i studenci Instytutu Studiów Europejskich mogli prowadzić aktywność naukową i badawczą zgodnie z najwyższymi normami etycznymi, dobrymi praktykami, uznanymi przez środowisko akademickie, oraz w sposób zgodny z obowiązującymi przepisami prawnymi (prawem własności intelektualnej), jak i zasadami warsztatu naukowego.