Instytut Studiów Europejskich Uniwersytetu Jagiellońskiego ma ponad piętnastoletnią tradycję współpracy z szkołami średnimi. Pierwsza klasa patronacka została otwarta w VIII Liceum Ogólnokształcącym w Krakowie i była prowadzona przez 10 lat. Od jesieni 2024 roku Instytut rozpoczął szerokie działania mające na celu kontynuację oraz formalizację współpracy z placówkami oświatowymi.

W szkołach pracownicy naukowi prowadzą zajęcia związane z historią, naukami politycznymi, socjologią (w tym tematami związanymi z migracjami), filozofią oraz kulturoznawstwem a także warsztaty z zakresu mediacji oraz antydyskryminacyjne. Konkretna tematyka zajęć uzgadniania jest z nauczycielami szkolnymi.

Współpraca ze szkołami zaowocowała również realizacją licznych projektów, w tym m.in.:

• Kompetentni uczniowie – projekt współfinansowany ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego - Program Operacyjny Wiedza Edukacja Rozwój, III Oś priorytetowa „Szkolnictwo wyższe dla gospodarki i rozwoju”, Działanie 3.1 „Kompetencje w szkolnictwie wyższym”, w programie Ścieżki Kopernika 2.0)
• Odkrywcy Dziedzictwa Lokalnego – projekt realizowany w szkołach podstawowych, w ramach programu Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego pod nazwą "Uniwersytet Młodego Odkrywcy" ustanowionego Komunikatem Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 24 sierpnia 2016 r. o ustanowieniu programu pod nazwą „Uniwersytet Młodego Odkrywcy” (M. P. z 2016 r. poz. 871) w ramach programu „Uniwersytet Młodego Odkrywcy”
• Pozytywne Miejsca Pamięci Europejskiej – projekt finansowany z programu Ministra „Uniwersytet Młodych Wynalazców" realizowany w ramach projektu systemowego MNiSW „Wsparcie systemu zarządzania badaniami naukowymi i ich wynikami" nr POIG.01.01.03-00-001/08 na podstawie umowy o dofinansowanie zawartej między Ministerstwem Nauki i Szkolnictwa Wyższego a Ministerstwem Rozwoju Regionalnego w dniu 22 września 2009 r.
• Zdzisław Krudzielski jako architekt industrialnej i społecznej rzeczywistości jaworzańskiej – projekt finansowany przez Fundację Banku Zachodniego WBK Grupa Santander realizowany jest we współpracy z Instytutem Europeistyki UJ, Gimnazjum nr 2 w Jaworznie
• Study trip to Concentration Camp Memorial Site and Youth Encounter – projekt finansowany przez Deutsch-Polnisches Jugendwerk
• E-publikacja dotycząca rezultatów projektu "Podróż do Miejsca Pamięci Dachau" – projekt finansowany przez Deutsch-Polnisches Jugendwerk

Uczniowie mają także możliwość prowadzenia aktywności wraz z kołami naukowymi działającymi w Instytucie.
Współpraca Instytutu Studiów Europejskich z szkołami średnimi rozwija się dynamicznie i daje perspektywy na przyszłość.
Do niedawna koordynatorem w tym obszarze była dr hab. Kinga Anna Gajda, prof. UJ. Od 2024 roku współpracę rozwija dr hab. Tadeusz Kopyś, prof. UJ.
Więcej informacji i zapytania dotyczące współpracy można kierować do Dyrektorki Instytutu prof. Kingi Gajdy (kinga.gajda@uj.edu.pl) lub koordynatora prof. Tadeusza Kopysia (tadeusz.kopys@uj.edu.pl).
 
Lista szkół:

• Państwowa Ogólnokształcąca Szkoła Muzyczna im. F. Chopina [zajęcia prowadzone tylko po angielsku]
• III Liceum Ogólnokształcące
• IV Liceum Ogólnokształcące im. Tadeusza Kościuszki
• V Liceum Ogólnokształcące w Krakowie
• I LO w Myślenicach
• Zespół Szkół Ogólnokształcących Mistrzostwa Sportowego
• Zespół Szkół nr 1 im. Św. Rafała Kalinowskiego: Technikum Komunikacyjne nr 25